La investigación que se desarrolla en el Departamento es muy variada y relacionada con su docencia. Se centra en temas como en el vino y la vid, los frutales y las hortalizas (tanto en lo relativo a su cultivo como a la transformación, conservación y comercialización), los parques y jardines, y muchos de los aspectos genéricos relacionados con ellos, como la patología vegetal, los suelos, la biotecnología o la genética. Además, muchos de sus investigadores son miembros del Instituto de Ciencias de la Vid y del Vino (ICVV) con titularidad compartida entre el Consejo Superior de Investigaciones Científicas, el Gobierno de La Rioja y la Universidad de La Rioja.