En cuanto a su justificación el Programa de doctorado en Humanidades se enmarca en las líneas prioritarias del Plan Riojano de I+D+I (2008-11). En concreto, en el Objetivo Estratégico 6 se apuntan las siguientes líneas de actuación: Conservar el patrimonio natural, Estudiar la influencia del impacto humano en el medio natural, Impulsar políticas de desarrollo territoriales compatibles con el medioambiente, Mejorar las técnicas de conservación y rehabilitación del patrimonio arquitectónico, artístico y cultural. El Objetivo Estratégico 9 señala como líneas de actuación: Introducir nuevos sistemas de gestión documental para el mantenimiento y clasificación de documentos sobre La Rioja, Investigar sobre el origen de la lengua castellana, Estudiar el origen de las lenguas románicas, Investigar en la enseñanza y la difusión del español.

El Programa de doctorado en Humanidades, que se impartirá en la Universidad de La Rioja, cuenta con referentes en distintas Universidades españolas, europeas e iberoamericanas.
Las líneas de investigación que lo componen pueden adoptar un punto de vista interdisciplinar dentro del ámbito de las Humanidades. Los miembros de los equipos pertenecen a un amplio panorama de áreas de conocimiento (Historia Medieval, Historia Moderna, Historia Contemporánea, Historia del Arte, Música, Geografía Física, Filología Griega, Filología Latina, Literatura Española, Lengua Española, Teoría de la Literatura y Literatura Comparada), lo que se refleja también en la estructura interna de unos grupos de investigación que en casi todos los casos incluyen profesores de los dos departamentos.