La organización del Programa estará de acuerdo con lo especificado en el Real Decreto 99/2011, de 28 de enero, y con la normativa de la Universidad de La Rioja en relación a la supervisión, seguimiento, presentación y lectura de la tesis doctoral. Además, conviene recordar que la Universidad de La Rioja ha editado una Guía de Buenas Prácticas para la Dirección de Tesis Doctorales.

Además de las actividades propias de la realización de la tesis doctoral, el Programa ofrece la oportunidad de que el alumno asista a seminarios de investigación y a cursos de formación disciplinares y metodológicos.