Reyes Manzano, que es mejor expediente de su promoción como licenciada en Humanidades, obtiene así la suficiencia investigadora para desarrollar su tesis doctoral. El trabajo ha sido dirigido por José Luis Gómez Urdáñez, catedrático de Historia Moderna de la Universidad de La Rioja.
En 1543, a bordo de una pequeña embarcación china, llegaba el primer europeo a Japón. Apenas cuatro años más tarde, San Francisco Javier escribía maravillado que era aquella tierra tan contraria a la europea que parecía que el Señor se había esforzado en la creación de un país totalmente opuesto al mundo que el navarro conocía. Aquellas tierras que tanto entusiasmaron al jesuita y a cientos de misioneros, comerciantes, marineros y diplomáticos occidentales se hallaban agitadas entonces por un conflicto civil que había de durar más de un siglo, y que provocó una total transformación en las estructuras políticas, sociales y económicas. Los portugueses habían irrumpido en una de las eras más importantes de la historia japonesa, alterando el equilibrio de poder entre los señores feudales de Japón gracias a un trato comercial que iba siempre unido a la predicación evangélica.
Los españoles no tardaron en surcar las olas del Océano Pacífico, y desde su base filipina algunos de los gobernadores de Manila no dejaron de soñar con la posibilidad de conquistar por la fuerza todo Oriente, lo que incluía el imperio chino, Japón y las míticas islas Rica en Oro y Rica en Plata, conocidas como Eldorado Oriental. Al tiempo que el Imperio de Felipe II alcanzaba sus mayores cotas de expansión, el dirigente japonés Toyotomi Hideyoshi trazaba una agresiva política de conquista en el Pacífico, que provocó los primeros contactos oficiales entre Japón y España. Era el tiempo de las dobles embajadas, el espionaje, las conjuras, y la primera vez que los españoles sintieron auténtico pánico por el poderío militar de un enemigo que consideraban claramente superior en fuerza y técnica militar. Por ello, desde Manila jamás se les ocurrió planear una campaña de represalia cuando comenzaron a ser crucificados misioneros europeos o japoneses cristianos.
La muerte de Hideyoshi dio paso a un breve lapso de anarquía y confusión zanjada por Tokugawa en la batalla de Sekigahara de 1600. A partir de entonces, los cristianos comenzaron a reunirse en torno al bando de Hideyori, hijo de Hideyoshi, legítimo heredero al puesto de sogún, que había sido usurpado por Tokugawa. Este último supo aprender de la historia más inmediata, y comprendió que el manejo de los nanban (literalmente, ¿Bárbaros del Sur¿, nombre que recibieron los europeos) podía determinar la política interior japonesa. Abrió las puertas de Japón al comercio de ingleses y holandeses, cuyos mercaderes no iban acompañados de ministros de Dios, tal como ocurría con españoles y portugueses. Logró que ingleses y holandeses enseñaran a su pueblo cartografía, y el arte de construir grandes embarcaciones y de surcar los océanos, con la idea de emplear dichos barcos en comerciar directamente con América prescindiendo de los españoles, que siempre fueron sospechosos de expandir su imperio por las islas japonesas, especialmente aquellas cuyo subsuelo estaba cargado de plata.
A partir de 1614, y más aún tras la campaña de Osaka de 1615, Tokugawa se convenció de que el cristianismo